蛋白質的雙向電泳的第一向為等電聚焦（Isoelectrofocusing, IEF）,根據蛋白質的等電點不同進行分離；第二向為SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE），按亞基分子量大小進行分離。經過電荷和分子量兩次分離后，可以得到蛋白質分子的等電點和分子量信息。
注意事項：
1. 一向聚焦與二向電泳之間需要平衡，時間視蛋白質的性質而定，一般為10min，最多不超過15min。
2. 過量的上樣量會引起雙向圖形畸形，特別在一向聚焦時，當樣品濃度超過5mg時，則蛋白質凝聚和沉淀，使二向時產生水平和垂直條紋。
3. 含尿素的試劑均應避免過高的溫度處理，一般不要超過30℃，否則尿素分解產生異硫氰酸鹽會引起羧基甲?；鴮е码姾刹痪恍?。
4. 第一向中過量的去污劑會嚴重影響雙向電泳圖譜，因此聚焦完畢進行平衡前，用雙蒸餾水沖洗膠條，以除去殘留的去污劑。
5. 雙向電泳中雙向凝膠間的界面緊密接觸非常重要，如果接觸不好或者兩者之間留有氣泡，則導致轉移時分子擴散。
6. 雙向電泳中的條紋現象是常見的問題。水平條紋可能與一向電泳時間不夠，聚焦不好有關，或者在加樣處產生沉淀和引起重新溶解所致；縱向條紋則表明樣品沒溶解，這可以通過調整樣品量，增加電泳時間，改善樣品的溶解狀態，同時在加樣前通過高速離心以除掉所有不溶物。
