分子生物技術的基礎工具移液器的使用中，消毒與滅菌的概念常常是被混用的。兩者差別在于：消毒只要求使移液器上的活菌控制在一定范圍內，達到無害化水平，而滅菌則要求消滅所有活菌。滅菌的處理要求高于消毒。
1．化學消毒。簡單說來，就是用酒精等擦拭移液器的外表面，然后晾干即可。這對于所有移液器品牌而言都應該是可以做到的，否則其外殼的材質也太差了！
2．紫外線消毒。用紫外線照射移液器的表面，通過破壞細胞的DNA結構來達到消毒的目的。紫外線消毒的時間取決于輻射強度和細菌對紫外線的抵抗力的強弱。多數品牌的移液器是可以用紫外線消毒的，但需要事先與供應商進行確認。
3．高溫高壓滅菌。通常來說，移液器高溫高壓滅菌的工作條件是：102.9kPa（1.05kg/cm2），121℃，20分鐘。移液器的高溫高壓滅菌分為整支滅菌和半支滅菌，絕可以大多數品牌的移液器都可以半支滅菌，但是否能整支滅菌，使用者一定要與供應商確認。市場上，GILSON和RAININ等品牌沒有整支滅菌的產品，EPPENDORF的Reference和Research plus、BIOHIT的m-Line、BRAND的Trasferpette S和Hamilton手動移液器等產品可以整支滅菌。不過這里需要提醒幾點：*，除了個別應用，如傳染性病毒研究，多數客戶并不需要整支滅菌；第二，對于同品牌的產品，往往整支滅菌的貴于半支滅菌的，客戶需根據自己的需要作出決定。